Juan Pablo Duarte nació el 26 de enero de 1813 en Santo Domingo, en una familia de clase media-alta dedicada al comercio. Sus padres emigraron a Puerto Rico en 1801 debido a la ocupación francesa y regresaron a Santo Domingo en 1809 tras la Reconquista española. En 1819, Duarte ingresó a la escuela de Manuel Aybar.
En 1821, durante la independencia efímera de Santo Domingo, Duarte era un niño. La ocupación haitiana en 1822 provocó cambios, como la abolición de la esclavitud.
En 1823, Boyer decretó el reclutamiento en el ejército haitiano, afectando la educación de Duarte. En 1828, inició un viaje educativo por Estados Unidos y Europa, presenciando la Revolución de Julio de 1830 en Francia.
En 1832, regresó a Santo Domingo y se unió a la Guardia Nacional haitiana. En 1838, fundó la sociedad secreta La Trinitaria para luchar contra la ocupación haitiana. En 1842, fue ascendido a capitán. La situación en Haití cambió, y en 1843, La Reforma derrocó a Boyer. Duarte lideró el movimiento independentista en Santo Domingo.
En 1844, La Trinitaria proclamó la independencia de la República Dominicana. Duarte, Juan Isidro Pérez, y Pedro Pina fueron buscados en Curazao, donde se habían exiliado. Regresaron en marzo de 1844 con armas compradas en Curazao. Duarte fue recibido como héroe, designado general y vocal de la Junta Gubernativa.
Sin embargo, la realidad de las armas compradas generó críticas, y Pedro Santana acusó a Duarte de malversación. A pesar de ello, Duarte desempeñó roles importantes en los primeros días de la independencia, liderando la defensa de la capital.
Tras la derrota de Hérard en la batalla del 19 de marzo liderada por la Armada Expedicionaria del Sur comandada por el general Pedro Santana, este último ordenó la evacuación de la ciudad de Compostela de Azua. La Junta decidió que Juan Pablo Duarte, junto con el coronel Pina, liderara la defensa del país y propuso atacar por la retaguardia a Hérard.
Sin embargo, Santana decidió consultar a sus subalternos y, finalmente, la Junta destituyó a Duarte de sus funciones. Más tarde, se firmó un tratado de protectorado con Francia, al que Duarte se opuso y renunció a sus cargos.
Duarte lideró un golpe de Estado conocido como «18 brumario dominicano», derrocando a la Junta de José María Caminero. Posteriormente, se presentaron conflictos internos entre los duartistas y otros sectores del país. Duarte fue destituido y, finalmente, Santana asumió el poder. Duarte se exilió en Hamburgo y después en Venezuela.
En Venezuela, realizó gestiones diplomáticas para obtener apoyo para la independencia dominicana, pero enfrentó obstáculos.
Además, se vio envuelto en disputas internas y fue arrestado bajo la solicitud del Gobierno español. A pesar de que la anexión de Santo Domingo fue anulada en 1865, Duarte no regresó a su país natal y vivió el resto de su vida en Venezuela. A pesar de recibir una oferta de regreso y una pensión honorífica, Duarte prefirió quedarse en Venezuela, donde murió en 1876.